Hvordan presentere og forstå data?

Dette var temaet for professor Gunnar Carlssons Volterra forelesning fredag 24. juni ved UiB. Et hvert eksperiment eller feltstudie gir observasjoner, enten det er bakterievekst, proteiner i en kreftsvulst eller elektrisk aktivitet i en nervecelle. Datasettene inneholder ikke én parameter, men en rekke parametere, som totalt antall gener utrykt i leveren til en torsk.


Å presentere genuttrykket for 40 torsk på en meningsfullmåte, eller vise betydningen av utvalgte gener, er ikke rett fram. Det produseres mye proteomikk og genomikkdata, men hvordan utnyttes datafangsten? For å avdekke årsakssammenhenger må man gå fra korrelasjon til hypotesetesting. Her møtes naturvitere og matematikere. Eksperimentelle miljøer må koble på nødvendig kompetanse, invitere inn, og la seg utfordre på forsøksoppsett og datahåndtering. Men også teoretikere må vende seg mot anvendte problemstillinger. dCod-prosjektet, ledet av Anders Goksøyr ved Biologisk institutt, UiB, er et godt eksempel. Matematisk institutt er med, med deltagere fra alle tre grener av matematikken; teoretisk, anvendt og statistikk. På fredagens møte utfordret prosjektdeltagerne hverandre, ikke bare i diskusjon, men datasett ble hentet fram og sett på. Mulighetene, men også begrensninger, ble med ett mye klarere for alle deltagerne. En fin start på et spennende prosjekt og en økt integrering av eksperimentell og beregningsorientert kompetanse!

En engasjert Gunnar Carlsson holder Volterra forelesning. Blant annet om hvordan TDA kan benyttes for å vise ulike foldingstilstander for RNA molekyler.

I den andre Volterra forelesningen arrangert av Senter for Digitalt Liv Norge, gikk Professor Gunnar Carlsson inn på bruken av topografisk data analyse (TDA) som et verktøy til å organisere data. TDA visualiserer dataene som et nettverk, hvor forbindelsene reflekterer likheter og forskjeller mellom de ulike parameterne. Gruppering av ulike diabetes tilstander og brystkreftpasienter kom klart frem i analysen. Kanskje er TDA et verktøy for inndeling av pasienter for skreddersydd behandling, på veien mot persontilpasset medisin.

For ordens skyld, det er mulig å håndtere genuttrykk fra 40 torsk, og med god integrering av eksperimentell og beregningsorientert kompetanse vil vi bli enda bedre!

Lær mer:

Video: Professor Gunnar Carlssons Volterra forelesning

Liver transcriptome analysis of Atlantic cod (Gadus morhua) exposed to PCB 153 indicates effects on cell cycle regulation and lipid metabolism. Fekadu et al, 2014

Forfatter

Gunnar Dick

E-post: gunnar.dick@mn.uio.no
Tlf: 404 54 144

Profil

Tema
Volterra Lectures Forskning

Publisert: 14. Mar 2017 - kl. 09:13
Sist oppdatert: 03. Jul 2017 - kl. 10:33