COMBINE workshop

Barcelona er årets vertsby for den 17. internasjonale konferansen i systembiologi, ICSB2016. I den forbindelse er det arrangert flere såkalte satellitt-workshops. En slik workshop var – Modellerings- og simuleringsverktøy i systembiologi, arrangert av Martin Golebiewski fra Heidelberg Institute for Theoretical Studies. Fokus var COMBINE (COmputational Modeling in BIology Networking) initiativet som jobber for å samle de mange ulike standardene for filformater innenfor beregningsorienterte disipliner i livsvitenskapene, i tillegg til samkjøring av modellering og simuleringsverktøyene og databasene som er tilgjengelig.

Det finnes svært mange filformater og programvare innenfor systembiologi, beregningsorientert nevrovitenskap, fysiologi, og system-farmakokinetikk. Dette har vært et stort hinder for god utnyttelse av de ulike programmene og av publiserte modeller. Mye takket være COMBINE initiativet kan man nå bruke flere forskjellige verktøy for å modellere biologiske systemer. Ikke minst kan man nå gjenbruke og teste andres modeller i den programvaren man vanligvis bruker, med filformater som inneholder tilstrekkelig informasjon til at simulereringer kan reproduseres.

I tillegg til presentasjon av ulike filformater og programvare ble en rekke databaser for modeller og for parametere for kinetisk modellering presentert, inkludert SABIO-RK som workshop-verten utvikler sammen med Wolfgang Müllers gruppe.

Fra Senter for Digitalt Liv Norge (DLN) deltok to nyansatte matematikere fra Guttorm Alendals gruppe (knyttet til dCod 1.0 prosjektet), samt koordinatorene fra arbeidsgruppe 4 i nettverksprosjektet. Nå sparkes konferansen i gang og senteret skal promoteres for et internasjonalt miljø av systembiologer.


Nyttige lenker:

BioModels database: http://www.ebi.ac.uk/biomodels-main/

CellDesigner: http://www.celldesigner.org/

COPASI: http://www.copasi.org

JWS Online: http://jjj.biochem.sun.ac.za/

SABIO-RK: http://sabio.h-its.org/

SEEK: http://fair-dom.org/platform/seek/

SBGN: http://www.sbgn.org

SBML: http://sbml.org

SED-ML: http://sed-ml.org/

Forfatter

Rune Kleppe

E-post: rune.kleppe@uib.no
Tlf: 55584068

Profil

Tema
Konferanse / Workshop

Publisert: 14. Mar 2017 - kl. 09:21
Sist oppdatert: 14. Mar 2017 - kl. 09:56